研究發(fā)現(xiàn)在低表達時很少形成包涵體，表達量越高越容易形成包涵體。可能是合成速度太快以至于沒有足夠的時間進行蛋白折疊，二硫鍵不能正確配對，過多蛋白間的非特異性結合，蛋白質(zhì)無法達到足夠的溶解度等。

一般含半胱氨酸越多的重組蛋白越易形成包涵體，而脯氨酸的含量明顯與包涵體的形成呈正相關。

  發(fā)酵溫度高或胞內(nèi)pH接近蛋白的等電點時容易形成包涵體。

   細菌發(fā)酵液高速離心收集菌體，經(jīng)超聲破碎或者裂解液處理后，高速離心收集沉淀。   

用低濃度的變性劑如2M尿素在50 mM Tris ，pH 7.5條件下洗滌包涵體，除去包涵體上粘附的雜質(zhì)，此外可以用溫和去垢劑TritonX-100洗滌去除膜碎片和膜蛋白。該步驟一定要作用溫和，過高濃度的尿素或鹽酸胍會使包涵體溶解而無法粗純將雜質(zhì)分離。

一般用強的變性劑如尿素、鹽酸胍，通過離子間的相互作用，打斷包涵體蛋白分子內(nèi)和分子間的各種化學鍵，使多肽伸展。通常而言鹽酸胍優(yōu)于尿素，兩者比較如下所示：

優(yōu)點：

尿素（8M-10M）：尿素溶解不電離，呈中性，成本低，蛋白復性后除去不會造成大量蛋白沉淀；溶解后的包涵體可選用多種色譜方法純化。

鹽酸胍（6M-8M）：溶解能力強，高達95%以上，溶解作用快而不造成重組蛋白的共價修飾。

缺點：

尿素（8M-10M）：較鹽酸胍慢而弱，溶解度為70%-90%。

用復性緩沖液快速稀釋溶解的包涵體蛋白溶液，降低變性劑濃度簡單地使去折疊的蛋白進行再折疊。

優(yōu)點：操作簡單。

缺點：慢，體積增加很大，變性劑稀釋速度太快不易控制，蛋白會被稀釋到很低濃度。

通過逐漸降低外透液濃度來控制變性劑的去除速度達到使包涵體復性的目的。

優(yōu)點：操作簡單，不增加體積。

缺點：慢，使用大量的緩沖液，不適合大規(guī)模大批量的復性操作。

利用分子篩效應將蛋白質(zhì)和小分子變性劑分離，實現(xiàn)溶液交換和蛋白質(zhì)的再折疊。

優(yōu)點：一步操作，直接自動化完成蛋白復性和純化，簡單快捷。

缺點：樣品體積受限制，若復性失敗則預裝柱會被堵死廢棄。

減少蛋白聚集的分子間相互作用，將蛋白質(zhì)結合在分離介質(zhì)上從而達到使溶液中變性劑濃度稀釋和蛋白質(zhì)純化的目的。

優(yōu)點：快速并簡單，直接進行，操作自動化。

一般用非變性的聚丙烯酰胺凝膠電泳可檢測變性和天然狀態(tài)的蛋白質(zhì)，或用非還原的聚丙烯酰胺電泳檢測有二硫鍵的蛋白復性后二硫鍵的配對情況。

可以用紫外差光譜、熒光光譜、圓二色性光譜（CD）等，利用兩種狀態(tài)下的光譜學特征進行復性情況的檢測，但一般只用于復性研究中的過程檢測。

    如IEX、RP-HPLC、CE等，因為兩種狀態(tài)的蛋白色譜行為不同。

一般用細胞方法或生化方法進行測定，較好地反映了復性蛋白的活性。值得注意的是，不同的測活方法測得的結果不同，而且常常不能完全反映體內(nèi)活性。

復性后的蛋白溶解度增加，變性狀態(tài)時由于疏水殘基暴露，一般水溶性很差，大多形成可見的沉淀析出。